Theo Quyết định, Bảo tàng Hà Nội là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Văn hoá và Thể thao thành phố Hà Nội; có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng theo quy định của pháp luật; chịu sự chỉ đạo, quản lý và điều hành trực tiếp của Sở Văn hoá và Thể thao thành phố Hà Nội.
Bảo tàng có chức năng nghiên cứu khoa học; sưu tầm, tư liệu hóa tài liệu, hiện vật và di sản văn hóa; kiểm kê, bảo quản, trưng bày tài liệu, hiện vật; giới thiệu di sản văn hóa, giáo dục truyền thông; hướng dẫn chuyên môn nghiệp vụ quản lý hiện vật cho các bảo tàng, di tích, tổ chức, cá nhân…; phối hợp thực hiện các nội dung liên quan đến dự án trưng bày và các hoạt động dịch vụ khác của Bảo tàng theo quy định của pháp luật. Đây cũng là trung tâm điều phối các hoạt động sáng tạo Hà Nội, có chức năng điều phối, thúc đẩy các hoạt động sáng tạo; thu hút, kết nối các nguồn lực sáng tạo ở địa phương và quốc tế; giới thiệu, chia sẻ, hỗ trợ triển khai thí điểm các ý tưởng trong lĩnh vực sáng tạo. Tổ chức các hoạt động, sự kiện với vai trò là địa điểm thường trực của Trung tâm thiết kế sáng tạo Hà Nội giai đoạn đầu, bước đầu hình thành trung tâm ươm mầm tài năng trong các lĩnh vực thiết kế sáng tạo.
Về cơ cấu tổ chức, Bảo tàng có Giám đốc và không quá 02 Phó Giám đốc, cùng 04 phòng chuyên môn, nghiệp vụ: Phòng Hành chính - Tổng hợp; Phòng Sưu tầm, Kiểm kê và Bảo quản; Phòng Trưng bày - Tuyên truyền; Phòng Kỹ thuật và 01 Trung tâm: Trung tâm điều phối các hoạt động sáng tạo Hà Nội. Số lượng người làm việc của Bảo tàng Hà Nội được giao trên cơ sở vị trí việc làm gắn với chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động và nằm trong tổng biên chế sự nghiệp của Sở Văn hoá và Thể thao thành phố Hà Nội được UBND Thành phố giao hằng năm.
Bảo tàng thực hiện cơ chế tài chính theo quy định tại Nghị định số 60/2021/NĐ- CP ngày 21/6/2021 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ tài chính của đơn vị sự nghiệp công lập. Quyết định có hiệu lực kể từ ngày ký. Các quy định trái với quy định tại Quyết định này đều bị bãi bỏ.